水生植物能吸收和富集水体中的有毒有害物质，对水体能起到很好的净化作用，被认为是维护水生生态系统的关键。
利用水生植物净化污水，常用的处理方式有三种：
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净化塘
净化塘是以某种水生植物占绝对优势而组成的特殊水生生态系统，这个系统通过水生植物群落的阻滤、沉降、吸附等物理作用以及植物体的吸收、积累等作用而达到对污水的净化效果，常用的有凤眼莲净化塘、再力花净化塘、香蒲植物净化塘等。
净化塘在国内外发展都比较快，从净化生活污水发展到净化工业废水、城市混合污水等，处理规模越来越大。能净化污水的水生植物种类越来越多，从前以一种植物为主，现在多种植物搭配，相互取长补短，达到最佳的净化效果。比如选用耐寒植物伊乐藻和喜温植物凤眼莲及菱，组建成常绿型人工水生植被，不仅使水体常年保持好的水质，而且对外来污染的冲击有很强的缓冲能力。
2
人工湿地系统
人工湿地是应用物种共生、物质循环再生原理建设的综合生态系统，利用土壤、人工介质、植物、微生物的物理、化学、生物三重协同作用对污水、污泥进行处理的一种技术。
水生植物合理搭配，能充分发挥不同植物各自的优势，比如常绿植物与季节性植物相搭配、吸收氮元素较多的植物与吸收磷元素较多的植物搭配等，使湿地系统达到更好的处理净化效果。
人工湿地广泛应用于处理水量不大、水质变化不大的中、小城镇。它能促进废水中污染物质良性循环，同时充分发挥资源的生产潜力，获得污水处理与资源化的最佳效益。如芦苇湿地，可用于处理生活污水和部分工业废水，芦苇可用作家畜饲料、可造纸及其他工艺品，兼具的生态效益和经济效益。
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生态浮岛
生态浮岛采用一些能漂浮于水面的材料，人工搭建拼接组装成不同的造型，供动植物和微生物生长、繁衍、栖息。利用水生植物、动物、昆虫以及微生物在自然水环境中的吸收、摄食、消化、分解等一系列生物、化学功能，实现富营养水体的生态治理。
生态浮岛是一种既具有污水处理功能，又兼备园林水景效果的多功能生态设施。一般的水生植物都适合在浮岛上种植，常用的有黄菖蒲、美人蕉、风车草、香蒲、石菖蒲、凤眼莲等。
相对于人工湿地技术，生态浮岛技术较小受到河道、湖泊空间和水位变化的限制，在许多固化程度很高的河道、水位波动大的水库、因波浪影响难以恢复岸边水生植物带的水域，得到广泛的应用。
